综合训练中心实行校、院两级管理模式。实验室与设备管理处是学校实验室建设与管理的主管部门，在主管校长的领导下，管理与协调实验中心的各项工作。学院是实验教学和实验室建设的具体实施部门，指导和协调实验中心的具体建设和实验教学的开展。综合训练中心实行主任负责制和职务聘任制，中心设主任1名，副主任1名。主任全面负责实验教学、中心建设和规划等工作，副主任主要职责是协助主任进行日常管理工作，负责综合训练中心网络化、信息化建设，负责综合训练中心的教学保障、开放运行和对外服务。

综合训练中心对各实验室进行统一管理，各实验室负责人本实验室工作职责范围内的运行管理，专职和兼职人员相互补充，每个实验室及每台大型精密仪器的管理落实到人，以确保实验室的安全、高效运行。

中心三个实验平台及相关研究室、实训室，在满足本学院各专业实验教学的需要的同时也为其它学院相关专业提供实验教学、综合实践方面的服务。中心聘任各专业方向带头人担任各实验平台的负责人即实验室主任，对平台下的各实验室进行统一管理并具体负责组织实验教学和实验室开放相关工作。各实验室聘任专职的实验室管理人员，对实验室及仪器设备进行有效的管理，保证实验室及仪器设备资源的共享运行。中心还制订一系列激励措施，鼓励和吸引教师、研究生以及本科生到中心从事教学和科研活动，中心所有实验模块面向学生进行课内外教学和开放，面向相关专业教师教研开放，部分实验教学资源还为社会开放。中心各平台积极与社会单位交流合作，联合开发创新项目，充分利用专业优势为社会服务。